Karunk keretén belül két tanszék működik. 1993-ban a Karral együtt alakult meg a Valláspedagógiai Tanszék. Ezen a tanszéken jelenleg 9 címzetes tanerő oktat. A tanszék a két teológiai tárgyú alapképzésről gondoskodik (Valláspedagógia, Szociális teológia). Irányítja a mesterképzést és a doktori tanfolyamot. A Tanszék keretőn belül működik a Pokoly József Egyháztörténeti Kutatócsoport is.
2003-ban a Zenepedagó-gia szak indulásakor létrejött a Zenepedagógiai Tanszék, melynek hatásköre a Karon folyó zenei szakoktatásra terjed ki (alap- és mesteri képzésen). A Tanszéken jelenleg 7 címzetes tanerő oktat.
Mindkét tanszék kitűnő felszereltséggel, saját könyvtárral és saját tudományos folyóirattal rendelkezik.